二国間もしくは多国間で締結した自由貿易協定（FTA）や経済連携協定（EPA）、特恵貿易協定などによって設定された関税率のことを言います。いわゆる特恵税率のひとつです。WTO加盟国間では、通常の貿易取引においてMFN税率を使うことが出来ますが、協定を結んでいる国同士では、その内容に基づき基準を満たして専用の特定原産地証明書を提示すればEPA税率・FTA税率を適用した貿易ができます。

EPA税率・FTA税率は、協定文の中の「譲許表」（Tariff Schedule）に品目別に記載されていることが多いですが、全品目を即時撤廃するなどの協定の場合は、譲許表がないこともあります。

なお、EPA、FTAでは品目によって段階的に税率を下げ、数年後に完全に関税を撤廃するという形をとったものが多いため、このスケジュールの如何では、他の税率の方が安いこともあり、EPA税率が必ず得であるというわけではありません。検討の時点で、どちらにメリットがあるのか見ておくことが肝要です。

国によっては、地域間協定と個別協定の二つが併存していることがあります。例えば、日本－タイ経済連携協定、日本－ASEAN経済連携協定では、タイとの取引ではどちらも使うことが出来ます。この場合は、どちらを使うかは輸出者の自由となっており、譲許表を確認して税率が安い方を選ぶこともできます。

一般論としては、二国間の協定のほうがより自由な貿易にしやすいため、多国間協定よりも有利な関税条件になっていることが多いですが、ケースバイケースです。