他国の貿易協定では、発給申請にかかる業務を代理人に任せることができるという条項をもつものもありますが、日本国の法令では不可能という解釈が一般的です。
日本のＥＰＡにおいては、「生産者」か「輸出者」のみしか判定・発給申請ができないため、仲買や卸に相当する会社には建前上、対処ができない仕組みです。また、多くの会社が書類作成等貿易実務を依頼しているフォワーダーなどに業務委託することもルール上はできません（実際にはやっている業者もありますが）。
ＥＰＡはやり方さえわかれば誰でも簡単に申請ができますが、原理原則や手続きの方法を覚えるまではなかなかそのハードルが高いため、多くの中小企業では対応が困難になっています。顧客から対応するように求められてもそもそも対応する人員がいないということもよく聞きます。実際、この業務を専任で行うのはよほどの貿易量か、関税を支払っているような場合です。小職の知る限り、ほとんどの方は何らかの業務と兼務しています。商工会議所のサポートを受けながら、一からＥＰＡの申請を学ばれる方も多いので、自社にてチャレンジしてみる方法も選択肢の一つとしてご検討されてはいかがでしょうか。
今は貿易をしない、という状況でも将来的にＥＰＡ発給申請できるという環境にしておくことはこの先メリットの一つとなると思います。
民間のコンサルティング会社でもＥＰＡの申請をサポートしている会社はあります。