インボイスの日付は、三国間貿易など特殊な例を除いて、ＥＰＡ申請時には無関係です。もっとも、そのインボイスで通関ができる、という前提は必要ですが、特定原産地証明書にはインボイス番号は記載されるものの、インボイスの日付は記載されません。Ｂ／Ｌ、インボイス、原産地証明書（ＣＯ）の日付のすべてがそろっているというのは逆に珍しいのではないかと思います。
ただし、原産地証明書発給時には、Ｂ／Ｌ記載の出港予定日から一定日数が経過していると「遡及発給」の記載がつきます。自分でチェックをつける協定もあるので、発給申請時には留意が必要です。