FTAとは、自由貿易協定のことですが、この趣旨は協定を結んだ国同士や地域間での貿易で発生する関税をゼロにするためのものです。

実際には、すべての品目でいきなり関税をゼロにしてしまうと、自国の特定の産業が壊滅的な打撃を受けたり、限られた分野の企業倒産等につながり市場の混乱、社会の混乱を招いたり、産業構造が大きく変わってしまうこともあるため、関税の撤廃は、品目ごとに段階的に下げていき、数年かけて将来的にゼロにするというケースが多くなります。

何かと話題となっているTPPも、自由貿易協定の性質をもつ協定の一種です。
すべてのFTAに共通していえることですが、協定を結び、それが発効されたからといって、その協定国同士の貿易において自動的に関税が減免されるということはありません。

輸出者は、その協定のルールに則った、専用の原産地証明書を輸出のたびに発給申請し、輸出先の国にて輸入申告のときに間に合うよう、輸出の際に毎回送ります。

この原産地証明書の原紙が、輸入申告（納税申告）を行う際に提示され、現地の税関がその内容の妥当性を認めて、はじめてFTAによる特恵関税が適用されます。