企業登録は無料で行えますし、日本の原産資格があるかどうかを日本商工会議所へ判定いただくプロセスも費用は発生しませんので、実料金はおっしゃる通りかと思います。量産品の輸出などで継続して使えば使うほどにお得になる仕組みです。
「特定原産地証明書を発給して現地の輸入通関までに原紙を届けるまで」の費用を見るのであれば、細かいようですが、日本商工会議所へご自分で証明書をとりに行く場合はその交通費、そしてご自分でクーリエ等を手配する場合はその費用もかかります。
当社では毎回フォワーダーに引換証をメールで送り、原紙の引取りを依頼しています。
また原紙の現地ブローカーまでの郵送については、他の貿易書類等と一緒に送っていただくため、このＥＰＡのためだけに郵送費用を別にチャージされたということはなかったと思います。
原産地証明書の発給時の手数料ですが、小職は、１インボイスに対して、１特定原産地証明書とするようにしていますが、特定原産地証明書を品目ごとに申請してしまうと、基本料がすべてにかかってしまいます。当初、よくわからずに分割して申請して数万の費用がかかったことがあります。実際に原紙を出さなくても、発給申請システムである程度まで進んでしまうと、発給の費用が発生してしまいます。
特定原産地証明書にまつわる費用は上記の通りですが、あとは社内的なコストがあります。
日本の原産性を証明するのが容易ではない製品や、自社品ではなく、情報収集が難航する他社製のものなどは連絡や説明にかなりの労力がかかることがあります。