基本的に、原産性（日本製か、協定の相手国製かどうか）をみるための判定の依頼は無料であり、費用はかかりません。この判定を通った品目についてのみ、実際の証明書を発行する手続きである「発給申請」ができるようになります。
費用は、発給申請の段階ではじめて発生します。
基本料は証明書１通に対して２０００円、これに証明を依頼する製品の数ｘ５００円がかかります。（５００円の部分は同じ製品で何度も証明書を発給していると、２１回目からは５０円に減額されます）
また、いったん判定申請が完了した品目は、いつまでに原産地証明書を発給しなければならないというものはありませんので、企業登録が存続している限り、ずっと利用可能です。