日本で取引予定のフォワーダーへ確認したＨＳコードで申請しても問題ないものなのでしょうか。
JTEPAの特定原産地証明書に記載されたHSコードで輸入を認めるかどうか最終的な決定権限は、タイの税関が持つものと思います。
したがって、この場合は顧客側にHSコードを提示していただくのがよいのではないでしょうか。タイ税関への輸入申告を依頼している現地の通関業者やブローカーとはおそらく直接コンタクトができないため、これら業者とやり取りする顧客側にHSコードを事前確認されるのがよいのではないかと思います。
当社でも、現地でのHSコード確認をせずに日本側（輸出側）で確認したHSコードに基づいて特定原産地証明書を発行することもありますが、実際にはタイ側でEPAでの特恵税率が適用されていなかった、というようなこともあるため、可能な限り現地側へ輸入申告の際に用いる予定のHSコードを確認してから証明書の手続きに入るようにしています。（もっとも、事前に現地で確認済みのHSコードで発行した原産地証明書を発行していても、通関時に適用されていなかった、ということもありますが・・・）
日本からの輸出を行う通関業者と、現地での通関業者が同じ日系のフォワーダー等の場合、確認せずとも日本側で確認したHSコードだけでも問題ないこともありますが、異なる場合、製品の特殊性もあるのでしょうが、HSコードのズレが頻繁に発生しているように思います。
一部製品については、特定原産地証明書に記載される６ケタのHSコードだけでは関税率が確定できないものがあるかと思いますが、こうした場合、現地側とどのHSコードで通すか共通認識がないと、特定原産地証明書を送るだけでは想定していた関税にならないことがあります。