残念ながら、小職もそのような話は聞いたことがありません。JIEPAのCOはかなり出していますが、輸入者の不利益になったという情報が入ってきたことがないというのが正直なところです。
原産地証明書を送っても使えなかった場合や、要件を満たさないような場合はただ単にMFN税率による通常の関税を支払って通関するだけです。
証明書を提示したからと言って嫌がらせ等されるなどの話は聞いたことがありません。ただし、もともと現地税関とトラブルがあったり、関係が良好ではない会社の場合、何かにつけ難癖をつけてくることがあり、こうした場合は、その会社の輸入手続きすべてにかかわる書類について重箱の隅をつつくような質問を繰り返したりして手続きを遅らせる担当者がいるとは聞いています。