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残念ながら、小職もそのような話は聞いたことがありません。JIEPAのCOはかなり出していますが、輸入者の不利益になったという情報が入ってきたことがないというのが正直なところです。
原産地証明書を送っても使えなかった場合や、要件を満たさないような場合はただ単にMFN税率による通常の関税を支払って通関するだけです。
証明書を提示したからと言って嫌がらせ等されるなどの話は聞いたことがありません。ただし、もともと現地税関とトラブルがあったり、関係が良好ではない会社の場合、何かにつけ難癖をつけてくることがあり、こうした場合は、その会社の輸入手続きすべてにかかわる書類について重箱の隅をつつくような質問を繰り返したりして手続きを遅らせる担当者がいるとは聞いています。
メールやコピーでは受け付けてもらえなかったと思います。原紙を、輸入通関時に提示する必要があるためです。
通関を遅らせることができるかどうかは現地税関次第ですが、輸入者都合の場合、費用を支払っても難しい国もありますので、現地とまめにコンタクトが必要ですが、関税額が大きいものであれば、原産地証明書到着まで待ってもらうという手もあります。
もともと通関に時間のかかる国であれば、なんとかなることもあります。
まずは現地側にタイムリミットがどれくらいなのか打診してみてはいかがでしょうか。
企業登録は無料で行えますし、日本の原産資格があるかどうかを日本商工会議所へ判定いただくプロセスも費用は発生しませんので、実料金はおっしゃる通りかと思います。量産品の輸出などで継続して使えば使うほどにお得になる仕組みです。
「特定原産地証明書を発給して現地の輸入通関までに原紙を届けるまで」の費用を見るのであれば、細かいようですが、日本商工会議所へご自分で証明書をとりに行く場合はその交通費、そしてご自分でクーリエ等を手配する場合はその費用もかかります。
当社では毎回フォワーダーに引換証をメールで送り、原紙の引取りを依頼しています。
また原紙の現地ブローカーまでの郵送については、他の貿易書類等と一緒に送っていただくため、このＥＰＡのためだけに郵送費用を別にチャージされたということはなかったと思います。原産地証明書の発給時の手数料ですが、小職は、１インボイスに対して、１特定原産地証明書とするようにしていますが、特定原産地証明書を品目ごとに申請してしまうと、基本料がすべてにかかってしまいます。当初、よくわからずに分割して申請して数万の費用がかかったことがあります。実際に原紙を出さなくても、発給申請システムである程度まで進んでしまうと、発給の費用が発生してしまいます。
特定原産地証明書にまつわる費用は上記の通りですが、あとは社内的なコストがあります。
日本の原産性を証明するのが容易ではない製品や、自社品ではなく、情報収集が難航する他社製のものなどは連絡や説明にかなりの労力がかかることがあります。