FTAやEPAを活用して関税を減免して貿易を有利に進めようとする場合、輸入申告の際に原産地証明書の原紙が必須となりますが、日本から輸出するものについては「経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律」に基づき、日本商工会議所が発行します。但し、日シンガポール協定に用いるものだけは、各地の１４２の商工会議所が発給機関となっており、Web上にてオンラインで行う「特定原産地証明書発給システム」が使えません。日スイス協定、日ペルー協定では認定輸出者による「自己証明」も可能です（アメリカ式）。

日本からの輸出ではなく、日本へ輸入するする場合は、それぞれの国によって発行機関が異なります。貿易相手がこうした業務に不慣れな場合、発行機関をこちらから教えてあげる必要もあるかもしれません。先方から原産地証明書（CO）が発行されないことには、日本で輸入通関する際には関税の減免は受けることができませんので、注意が必要です。

なお、開発途上国からの輸入する際に特別に安い関税や関税の免除が受けられるGSPによる特恵関税を適用させたい場合は、相手国から、そのGSP専用の原産地証明書であるform Aを発給してもらう必要があります。