この加算税の計算方法としては、本来正しい税額と、当初申告して支払っていた税額との差額に１０％を掛けるというものです。この差額は「増差税額」といわれますが、例えば関税額10万円で申告して支払っていたものが、あとの調査で50万円の関税額だと分かった場合、50万円－10万円=40万円が増差税額となるため、40万円x10%=4万円となります。

増差税額が、最初に間違えて申告した額か50万円のどちらか大きいほうを上回ってしまっている場合は、その上回った金額の５％がさらに加算されます。

例えば関税額10万円で申告したものの、正しい関税額は100万円だった場合、増差税額は90万円となるため、90万円x10%の9万円に加え、【増差税額（90万円）－50万円】x5%=2万円がかかり、合計11万円の過少申告加算税となります。

なお、税関の調査である事後調査の前に、自主的に申告した場合はこの過少申告加算税はかかりません。

過少申告加算税を課せられるケースでも、事実の隠蔽や仮装があったと認められた場合には、重加算税（３５％）が課せられます。

なお、これはあくまでペナルティとしての加算税であるため、申告納税方式ではなく、税関長による手続きで金額が決定する賦課課税方式となります。

不足税額が１万円未満の場合は免税、計算した結果、過少申告加算税が５０００円未満となる場合は免税となります。計算額５０００円以上の場合に徴収されますが、１００円未満は切り捨てられます。