日本の場合、特定原産地証明書は判定申請時にどのHSコードで申請するのかを企業側で選ぶことになります（国によっては発給する機関自身が付与する場合もあります）。

このHSコードの妥当性については証明書の発給段階ではチェックされませんが、原産地証明書が使われる輸入申告の際、そのHSコードでは通せないということになれば、関税の減免そのものができなくなります。

HSコードは関税分類番号とも呼ばれる通り、関税を決めるための番号で、カテゴリーごとに分類がなされており、それぞれの番号に関税率が設定されていることになります。

経済連携協定や自由貿易協定でも、特別に安い関税率や関税そのものをなくすかどうかはこのHSコード単位ごと（タリフライン）に交渉で決められますので、ある意味、協定を利用する上では最も重要な情報となります。

日本側で付加価値基準や関税分類番号変更基準等の原産地規則を満たすための資料を揃えてせっかく特定原産地証明書を発行しても、現地側でこのHSコードでは輸入許可できない、となれば意味がありません。輸入側のHSコードを最終的に決める権限を持っているのは、現地の税関当局です。

したがって、実務の上では、まずは輸送業者・通関業者を通じて、現地側のHSコードが何番になるのか、製品の詳細を伝えつつ、確認するところから適用の検討ははじまります。

実際問題、HSコードが違うということで適用できなかったというケースはよくあります。しかも、一旦通関して関税を納付してしまうと、あとでそのHSコードに対応する特定原産地証明書を持っていっても関税還付に応じてくれない国が多いので、納期が許されるのであれば輸入申告を保留にして即時先方が言うHSコードにて日本側から再度特定原産地証明書を発行してクーリエで送り、減免申請できるようにします。

日本の場合、ある物品をどのHSコードにするかは発給機関の日本商工会議所ではなく、企業側が決め、しかも同じ物品に対してHSコードが違うだけの判定申請をいくつも行うことができます。ASEANなどで使われるform Dでは一旦HSコードが決まってしまうと、同じ物品に対して別のHSコードでの申請ができなくなります。

HSコードが輸入申告時に最終的にどうなるかは、事前教示制度と呼ばれる事前にHSコードを確認・確定させる制度を持つ国もありますが、ほとんどの開発途上国や新興国では形だけのもので、意味をなしません。このため、確実にそのHSコードで輸入申告ができるかどうかは実際にやってみないとわからないというのが実情です。

日本の特定原産地証明書は、輸出する国によってHSコードを変えたり、関税減免ができないとわかってからすぐに代替のものを発行したりといったことが可能です。

なお、HSコードはおおむね５年ごとに改訂されており、日本が経済連携協定で使うのは、HS2002、HS2007の二種です。日スイス、日ベトナム、日インド、日ペルー協定はHS2007を利用し、日メキシコ協定、日マレーシア協定、日チリ協定、日タイ協定、日インドネシア協定、日ブルネイ協定、日アセアン協定、日フィリピン協定はHS2002を使用します。いずれも交渉時に用いたHSコードのバージョンです。

通関ではHSコードの2012年版であるHS2012が使われる為、品目によっては、そもそも通関に用いるHSコードと特定原産地証明書に記載されているHSコードが違うことになりますが、これについては問題なしというのが締結国の公式見解です。ただし、残念なことに実際には国によっては現地税関にてこの差異のために難癖をつけられる、減免が受けられないという話もあります。