ソフトウェアの関税は、そのデータが入っている「媒体」（キャリアメディア）に対してかけられます。例えば売価10000円のソフトウェア（DVDやCD等）があるとし、そのうち、媒体分であるDVDやCDが100円で、インボイスの中で9900円となるソフトウェアの情報そのものと区別されていた場合、関税は媒体であるDVDの100円に対してのみかけられます。

これは「関税」が、形のある「もの」が国境をまたいで動いたときのみに課せられるものだからです。将来、この考え方が変わる可能性もありますが、現時点では、無形のものについては関税が課せられることはありません。但し、関税以外の形で税金がかけられることもありますので、ソフトウェアを輸出する場合には、国ごとに確認の必要があります。

ソフトウェアは「情報成果物」とも呼ばれますが、これに対しては、関税はかけないという国がほとんどです。ただ、実際には媒体とソフトウェアの中身であるデータとを区別せずにインボイスに記載しているようなケースも多く、この場合は媒体とソフトウェアの合計に対して一括で関税がかかってきます。

つまり、ソフトウェア1万円（CIF価格）をそのまま通関用のインボイスに記載して輸出した場合には、ソフトウェアはそれが記録されている媒体（物）として現地にて輸入申告され、このときの価格が1万円とみなされます。媒体が100円のものであり、インボイスの中でその媒体と、ソフトのデータ自体を切り分けて書くだけで、関税は大きく下がり、過大納税を防ぐことができます。

ちなみに、ソフトウェアの定義は関税定率法の基本通達４－５にも記載がありますが、「データ処理機器の運用に関係する計算機プログラム、手順、規則又はデータ処理機器に使用されるデータ」のことをいいます。サウンド、シネマチック、ビデオ・レコーディングは含まないと明記されているので、プログラムである必要があります。

ソフトウェアが記録されている媒体（キャリアメディア）の価格は、この媒体自体の価格だけでなく、記録するための費用も含みます。例えば、大量生産でDVDにソフトウェアを焼き付けているものとした場合、DVDそのものの価格に、データを書き込んだ費用・諸経費もオンしておく必要があります。

いずれにせよ、ソフトウェアに通常の売価だけしか記載せずに輸出もしくは輸入してしまうと、その売価に関税率がかけられてしまうため、関税額が大きくなってしまいます。

関税は、「物品の価格」に「関税率」をかけて計算されます。この「物品の価格」は、「正味価格（買値）＋日本の港や空港までの輸送費＋保険費用＋加算要素」で構成されており、これを関税評価額といいます。課税価格とも呼ばれます。要は、関税率をかけることになるベース部分です。

上述のとおり、関税評価額はCIF価格に加算要素を足したものですが、この加算要素をめぐり、過少申告が起きやすいため、注意を要します。

たとえば、海外の工場へ部品を無償支給し、それを使って製造したものを日本へ輸入するような場合、この無償支給した部分の価格も「加算要素」として関税評価額のなかに含まれていなければなりません。無償支給のほか、相手に支払ったロイヤリティやライセンス料、技術者や製造者の無償派遣、買い手が負担している容器代や梱包代金、仲介料金なども、こうした加算要素の対象です。

関税の正しい算出には、関税評価額と、関税率（物品が何であるのかをHSコードで特定）の双方が必要です。

生産そのものが日本から国外へシフトしつつある中、日本企業や日本の技術開発を行う本社が資金を回収する手段として主な手段となっているのがロイヤリティです。端的にいえば、自社で開発した技術を貸すので、現地での生産・売上げ等に応じて一定のパーセンテージをかけてその使用料金を払ってもらうというものです。

自社の海外子会社や合弁会社、顧客企業などを相手にロイヤリティを使った資金回収のスキームは活発に行われていますが、盲点になりがちなのが、そうした会社から物品を輸入した場合の関税へロイヤリティ分を加算する処理です。

関税は、「物品」にかかるものであるため、こうした無形のもの自体にはかからないのですが、ケースによっては物品そのものの価格にロイヤリティ分を上乗せして輸入申告する必要が出てきます。

税関の訪問調査である事後調査でも、このロイヤリティで資金回収を行っている企業に対しては必ずといっていいほど質問の出る項目です。輸入取引の条件の中にロイヤリティの支払いが入っている場合、これも関税における課税価格の加算要素となります。

ロイヤリティの支払いは、ほとんどの場合、貿易外の請求書にてやり取りを行うため、物品のやり取りに付随するものであっても（その物品の売買に関連したロイヤリティであっても）見落としがちで、これが理由で追徴課税になることも珍しくありません。この理由の一つが、ロイヤリティの支払いがあるケースでも、関税がかかるもの（課税価格に加算すべきもの）とかからないもの（課税価格には非加算のもの）とがあるからです。

ロイヤリティの支払額を輸入品の課税価格に加算しなければならないケースは、売り手が何らかの形でライセンスに関わってくる場合です。例えば、以下のようなケースが考えられます。

• 売り手自体がライセンスを持っていて、売り手が買い手からロイヤリティの支払いを受けている場合
• 売り手にライセンスを許諾している企業Aがあり、その企業Aに買い手からロイヤリティを支払っている
• 売り手と買い手の間に、ロイヤリティ支払いに関する取り決めをしている（ロイヤリティ支払合意が、取引条件に入っている）
• 売り手とライセンスをもつ企業Aとの関係が特殊な関係であり、買い手は企業Aに対してロイヤリティを支払っている（売り手と企業Aの間に資本関係がある、下請工場など）
• 売り手が、ライセンスをもつ企業Aのサブライセンサーの許諾を受けており、買い手と売り手でサブライセンス契約を結んでいる。買い手と企業Aとの間でライセンス契約を結び、ロイヤリティ自体は買い手が企業Aに支払っている。

言い換えれば、「売り手」と「ライセンスを持っている企業（買い手のロイヤリティ支払い先）」との間に何の関係も無いケースについては、ロイヤリティは課税価格の加算要素とはなりません。

無関係であるというのは、具体的に言えば、「売り手」がロイヤリティの支払いについては一切関知していないケース、「売り手」と「ライセンスを持っている企業（買い手のライセンス支払先）」の間に許諾関係が無かったり、ロイヤリティー支払いに関する取り決め・契約が無かったり、再許諾が無かったり、両者間に特殊な関係や下請け関係がないようなケースでは、この物品の貿易におけるロイヤリティは買い手側の課税価格に加算すべき要素とはならないということです。

外国から日本に入ってくる物品にかかる「関税」と「消費税」はどちらも日本円で支払うことになります。このため、物品の価格や輸送費・保険費がすべて円建てではない限り、必ず為替の影響を受けることになります。

関税の計算においては、課税価格を合算し、それに関税率をかける形で算出されます。したがって、この課税価格の合計を日本円にしてやる必要があります。運賃やインボイスに記載の価格のすべての通貨単位は、別々になっていることも珍しくありません。

関税の計算に用いる為替レートは、輸入申告する日の週からみて、前々週の平均レートを用いることになります。具体的に言えば、銀行同士の直物取引の中心相場の平均値を見ます。レートについては財務省のホームページでも適用期間ごとに公開されています。

財務省（課税価格の換算に用いる外国為替相場）

関税の目的は国の税収を上げるという見方もありますが、関税により自国の産業保護や市場経済の混乱の防止等が主なものと言えます。

自国よりも安い人件費や生産コストで大量に物品を作ることができる国から、大量の物が無関税で入ってくると、国によっては、ある産業が消えてしまうことになります。ある産業分野が消えてしまうことで、その産業を顧客としていた別の産業へも影響は波及し、雇用がなくなる、という直接的な影響だけでなく、将来的にその物品すべては輸入に頼らざるを得なくなるという問題もあります。

したがって、ほとんどの国では品目と、輸出国（原産国）ごとに関税率を個別に設定し、国内の産業を守ることをしています。ただし、これを過度に進めれば、保護主義に陥り、貿易が活発化せず、ほとんどの国が内需だけで経済をまわしていかねばならなくなります。したがって、貿易の自由化と保護主義のバランスを取ることが世界的にも課題となっていました。

近年、大きな流れとしては、WTO（世界貿易機関）を設立し、過度の保護主義に陥らないよう、また貿易のルールを適切に定め、それらを各国が守って公平な貿易を進めていけるよう活動を行っています。ただ、加盟国が多くなり、各国の利害が容易に一致しないようになり、貿易の自由化をすべての国の合意で進めていくことが困難になっています。

例えば、農業国は農産物の輸出を進めたいのですが、先進国の多くは関税だけでなく、様々な「保護」により、自国の農業を守ろうとしています。一方でこうした国は工業品の輸出を進めたいので、こうした品目について関税の低減を求めています。開発途上国の多くは、工業製品の完成品やその部品類が大量に無関税で入ってくると、自国の工業が育たず、十分な競争力もつけることができないため、あまり品目を絞って少しずつ関税を下げていきたいところです。

このように、多くの国が関わればかかわるほどに、どの国にとってもメリットのある貿易の自由化を実現することが困難になっており、実際には、貿易自由化の取り組みはWTOというほぼ全世界が関わる場ではなく、二国間や多国間、地域間で交渉が行われる経済連携協定や自由貿易協定、特恵貿易協定、関税同盟など、当事者間のみで適用される場での交渉へとシフトしつつあります。

関税率を変えるだけで、その国の産業構造にも影響を与えることになりますが、関税以外にも非関税障壁といって、自国の産業を守る方法はいくつかあり、現実的には、これらと併用することで、国内産業の保護がはかられており、貿易自由化を進める取り組みではこれらの非関税障壁の撤廃もあわせて行われています。

FTAとは、自由貿易協定のことですが、この趣旨は協定を結んだ国同士や地域間での貿易で発生する関税をゼロにするためのものです。

実際には、すべての品目でいきなり関税をゼロにしてしまうと、自国の特定の産業が壊滅的な打撃を受けたり、限られた分野の企業倒産等につながり市場の混乱、社会の混乱を招いたり、産業構造が大きく変わってしまうこともあるため、関税の撤廃は、品目ごとに段階的に下げていき、数年かけて将来的にゼロにするというケースが多くなります。

何かと話題となっているTPPも、自由貿易協定の性質をもつ協定の一種です。
すべてのFTAに共通していえることですが、協定を結び、それが発効されたからといって、その協定国同士の貿易において自動的に関税が減免されるということはありません。

輸出者は、その協定のルールに則った、専用の原産地証明書を輸出のたびに発給申請し、輸出先の国にて輸入申告のときに間に合うよう、輸出の際に毎回送ります。

この原産地証明書の原紙が、輸入申告（納税申告）を行う際に提示され、現地の税関がその内容の妥当性を認めて、はじめてFTAによる特恵関税が適用されます。

関税は基本的に輸出者か輸入者のどちらかが負担しますが、実務の上では輸送業者や通関業者が立て替えて支払うことが多いです。というのも、多くの国の税関では関税を支払わないと物品の受け渡しを行わないため、物が輸入できないからです。

日本でも特例輸入申告制度などを利用すれば後払いにすることもできますが、通関業者が立て替える場合、実質、後払い扱いになります。

但し、ハンドキャリー等で直接物品を持っていく場合は、空港の税関にて輸入申告時に所定の関税を支払う必要があります。

輸入を定期的に行っている企業に対して、税関の調査官が直接企業へ訪問し、法で定められた関税がきちんと支払われているかどうかを調べるための制度です。実際、輸入を行っている企業のうち、７割前後は何らかの申告漏れを指摘されます。

２年に１度訪問の場合と、３年に１度訪問の場合などケースバイケースですが、税関より調査については事前に連絡がきますので、実際の調査の際に貿易書類がどこにいってしまったのかわからないということのないよう、一箇所に集めておくか、すぐに取り出せるようにしておくことが望ましいです。企業規模や輸入量にもよりますが、おおむね１週間程度の調査となります。

事後調査では、インボイス、パッキングリスト、契約書、輸入許可通知書、運賃明細、保険料明細、価格表などの貿易書類や総勘定元帳や台帳、法人税確定申告書、消費税確定申告書などの経理系の帳簿類を税関の調査官が調べていき、適宜、必要に応じて書類の内容や背景について質問を行います。ときには、どういう商売なのか、商流や仕入れ価格の決定方法、加工方法、材料支給方法、関連した国内取引の内容、見積もり方法、ロイヤリティなどにも質問が及ぶこともあります。

この調査では、輸入関税と消費税がきちんと支払われているかを見ます。

日本では関税の支払いは、輸入者が申告した内容に基づいて行う申告納税制度を採用しているため、品物の分類が正しいか、正しい金額で申告がなされているか、漏れがないのかをチェックする制度である事後調査が存在します。

調査官は、その企業の輸入記録をすべて持参しますが、これだけでは書類の背景や書類からは読み取れないことはわからないため、実際の書類を見ながら、関係者に質問をして確認をすることになります。

関税の追加徴収は過去３年分まで行えることになっており、３年前までの貿易書類はすべて保存し、閲覧できる状態にしておく必要があります。ただし、隠蔽などを行っているような事情があれば、最大７年まで遡ることができます。内容によって、正しい関税額のほか、過少申告加算税、無申告加算税、重加算税、延滞税が課せられます。

調査官からの質問で、その場で回答できなかったことは、後日、宿題として社内や関係会社等含めて確認した後、窓口となる調査官に回答することになります。事後調査の最終日には、調査官から講評をしてもらう機会もあり、どういう点に問題があったのか教えてもらえます。修正申告含め、不足分の税額についての計算は、別途通知が来るので、それに基づいて支払い手続きをします。

多くの輸入者が見落としがちなのが、「加算要素」と呼ばれる、関税額に本来足しておかねばならない部分です。

例えば、中国の工場で作らせるために材料や部品を無償で支給した場合、日本へ輸入する際にはこれらの無償支給した価格についても価格へ加算して申告する必要があります。一見、簡単そうですが、日々多くの貿易を行っていると、無償支給分がどの輸入品に対応するのか容易にわからなくなってきます。

また、不具合による値引きや代替品、価格の調整などで、通関時のインボイスの価格とは別に費用請求などを行っているケースでも、別支払いしている分があるのであれば申告の必要があります。

なお、当サイトは主に取り上げている輸出時の経済連携協定（EPA）を用いた関税減免についての照会は事後調査ではなく、現地税関から日本の経済産業省、日本商工会議所を通じて行われる「検認」と呼ばれる調査で行います。

日本へ輸入する分については、当然、原産地証明書がきちんとあるかどうか、原産地規則がきちんと守られているということは前提ですが、いずれも特定原産地証明書を発行する現地側での調査が必要となるため、その内容についてまでは事後調査で行っているという話は聞きません。

経済連携協定を用いて関税減免を受ける場合は、輸入申告時に必要な書類がなければNGとなるため、基本的に申告漏れという事態にはなりません。あるとすれば、条件を満たしていないのに原産地証明書を発行するケースや、物品の分類を故意に変えるといったものですが、物品とHSコードの対応関係については、通関時にも調べることになっていますが、よほどのことがない限り、原産地基準を満たしているかどうかの証明等は行う必要はありません。

なお、これらについても偽装、隠蔽、仮装などがあったと認められた場合は、当然、重加算税となりますが、当該企業の経済連携協定の利用停止などの可能性も出てきます。

関税の支払いに不足があることが後で分かった場合、ペナルティとして過少申告加算税、無申告加算税、重加算税などが課せられますが、この延滞税もこうしたペナルティとして課せられる「附帯税」の一つです。

具体的には、法定納期限の翌日から関税を納付する日までの日数に応じてかけられる延滞金であり、納付が遅れるほどに金額も膨らんでいく類の税金です。

延滞税率は、関税法の附則によって変わるのですが、規定上は、納期限の翌日から２月を経過する日までは年率７．３％で、これが２月を経過した以降は年率１４．６％の税率となります。
ただ、年率７．３％の部分については、実際には、前年の11月30日時点で日本銀行が定めた公定歩合に4％を加えた税率と７．３％のうちのどちらか低いほうが適用されることになっています。公定歩合（基準割引率）が低く抑えられている昨今では、７．３％が適用されない状況です。

関税の納期限、つまり関税を納めねばならない納入期限には二通りあります。まず、法定納期限といわれる期限は、輸入許可日です。したがって、あとから修正申告で支払う場合であっても、「延滞日数」はこの法定納期限の翌日から実際の関税納入日までの日数の合計となります。

ただし、延滞税の税率が変わるタイミングである、二月を経過しているかどうか、というのはこの「法定納期限」から起算するのではなく、実際の「納期限」から二月経過しているかどうかという点で判断します。修正申告を行った場合は、その修正申告を行った日が「納期限」となります。この日に支払うのが一般的ですが、もし支払わずにこの日の翌日から２月経過してしまった場合は、その２月経過以降の日数に対しては年率１４．６％の延滞税が課せられることになります。

延滞税の計算方法の例をあげてみます。
まず、当初3月2日に輸入許可が下りたものの、あとでインボイスの金額間違いが発覚し、修正申告を自ら行った場合です。

2013年3月1日　輸入申告日
2013年3月2日　輸入許可日
2013年6月2日　修正申告を行い、関税額を納付した日（関税額2,005,000円）

まず、延滞日数は次の通りです。
3月3日から3月31日　29日
4月1日から4月30日　30日
5月1日から5月30日　30日
6月1日から6月2日　2日

合計91日

2,000,000円x7.3% x 91/365 =36400円（100円未満切捨）
1万円未満は切捨てとなるため、200万円で計算

この計算でいくと、「納期限」は修正申告を行った日である6月2日であり、この日に支払いがあるため、二段階目の延滞税率である１４．６％の要件を満たさないため、一段階目の延滞税率のみの適用となります。

なお、延滞税は申告納税方式、賦課課税方式のいずれでもなく、税額も発生すると同時に決まってしまう税金です。

支払うべき関税が本来よりも少なく、事実を隠蔽・仮装して支払うべき税額を少なくしていた、もしくは無申告だったと認められる部分には、重加算税が課せられます。

これを課せられる場合というのは、前述の通り、何らかの「隠ぺいや仮装」があったとされた場合です。したがって、悪質な関税脱税のケースについてのみ適用されます。関税法についての知識がないことに起因するような申告額がただ低かったというだけではこの税率は適用されません。

関税における重加算税の税率は、次の二通りがあります。

過少申告加算税に該当する場合で、隠蔽や仮装があった場合は増差税額（正しい関税額－当初申告した関税額）に３５％をかけた金額が課せられます。

無申告加算税に該当する場合で、上記と同様に隠蔽や仮装があった場合には、これが４０％の税率となります。

いずれも本来の関税額を支払うことはもちろんですが、足りなかった金額、つまり増差税額に対しての税率がエクストラで課せられることになる制度です。

重加算税の適用要件となっている「隠蔽（隠ぺい）」や「仮装」とは、「仕入書など輸入貨物の課税標準を明らかにする書類の破棄又は改ざんがなされた」場合、「特恵税率を適用するため、原産地証明書を偽造した場合や虚偽の申請に基づき原産地証明書の交付を受けた」場合、「関税割当品目に該当する貨物を他の輸入貨物に紛れ込ませるなど、輸入の許可を受けないで貨物を輸入しようとする」場合、「税関職員の質問に対し虚偽の答弁を行っているなど、その一連の事実関係から判断して、輸入（納税）申告時における隠ぺい又は仮装が推認できる」場合のいずれかを言います。

不足税額が１万円未満の場合は免税、計算の結果、重加算税が５０００円未満となる場合も免税となるため、支払いが不要となります。計算額５０００円以上の場合に徴収されますが、１００円未満は切り捨てられます。