何らかの事情で発行した特定原産地証明書が現地の輸入申告の際になくなってしまったというような場合でも、申告までに時間が稼げるのであれば、日本から再度発行してすぐにクーリエ等で送って対応することは可能です。

一方で、特定原産地証明書を現地の輸入申告の際に提示したところ、「ＨＳコードが違うので認められない」となった場合はどうでしょうか。実はこれは結構頻繁に起きることで、防止策としては事前に輸送業者・通関業者を通じて現地での輸入申告に使うＨＳコードを確認して、そのＨＳコードで日本側から特定原産地証明書を発行しておくという方法が一般的ですが、それでもＨＳコードが違うと難癖をつけられて関税減免の適用が受けられないことがあります。

経済連携協定や自由貿易協定における減免を最終的に認めるかどうかは現地税関の判断となる為、輸入申告時に提出された特定原産地証明書に何らかの不備があると判断された場合や、品名やHSコードに齟齬があるとされた場合、減免を受けることができなくなり、この仕組みについてはどうしようもありません。

こうした場合、日本のEPAでは、一旦輸入申告を保留とし、再度、現地側の言うＨＳコードや品名に変えて、特定原産地証明書を通関業者へ送りなおすことが可能です。齟齬を指摘されることが多いケースとしては、インボイスの表記事項との差異（単位の違い、経由港がある場合の仕向港名、品名のスペル間違い、日付間違いなど）がある場合、そもそも品目のHSコードが適当なものではないというケース、品名とHSコードの対応に疑義があるような場合です。

他国のEPAにおいては、一旦発行した特定原産地証明書を、同一の品目に対して内容を変えて発給することができないこともありますが、日本の場合、こうした制限はありませんので、同一品に対してメキシコへ出す場合とインドに出す場合とで異なるHSコードで申請を行うということもできます。

納期が許すのであれば、一旦輸入申告の際に特定原産地証明書がNGとなった場合でも、手続きを保留にして日本からすぐに訂正した特定原産地証明書を送りなおすという方法もあります。

一度輸入申告を行い、通常の関税を納付してしまうと、あとからEPAを適用させようとする場合は、各国の所定の手続きを経て関税還付手続きを行うしか方法がなくなりますが、この手続きを公式には認めているものの実際には還付が難しい国がほとんどであるため、輸入申告時点での対応が最も重要となります。