特定原産地証明書は、経済連携協定の基づく関税減免のために使う公的な証明書です。

日本では、この発給機関は日本商工会議所であり、判定申請を行い、これに通過すれば発給申請する（実際に原紙を入手する）ことができるようになります。

判定申請を行うことが出来るのは「輸出者」か「生産者」のみです。ただし、輸出者にしても、判定依頼するということは、その輸出しようとしている製品の原価構成や図面、仕様、使用部材の生産国、部品ごとの価格などが把握できているという前提です。

これはその物品が本当に日本原産かどうかの確認である検認といった依頼が現地税関を通じ、日本の関係機関からきた場合に、申請内容や製品の製造・工程について説明が出来る必要があるからです。

日本は、特定原産地証明書の発給がしやすい国のひとつですが、この判定申請が可能な当事者については、上記の規定があるため、この業務の代行業が認められていません。

実際、アカウント（企業登録番号）の取得から入力申請まで行っている第三者もいますが、これはルール上認められていません。

特定原産地証明書はWeb上からオンラインにて、判定依頼から発給申請まで行います。企業登録を行った後、オンライン上で入力して電子申請すると同時に、FAXで最寄の日本商工会議所の担当部署へ、根拠資料を送ることで判定が可能となります。