経済連携協定や自由貿易協定において、この中のルールを破った場合の罰則に関する規程が協定本文に盛り込まれることは稀で、いずれも協定を結んでいるそれぞれの国内法にて対処されているのが実情です。日本であれば、「経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律」「関税法」「関税定率法」「関税暫定措置法」とそれぞれの施行規則や政令、省令、通達などがその国内法となります。

また、貿易協定をルールを破って用いたような場合には、輸出する側、輸入する側の双方に何らかの罰則が課せられることが一般的です。例えば、原産地証明書そのものを偽造発行したような場合や、日本とタイの経済連携協定を用いて、日本からタイへ物品を輸出する際、中国製の物品を日本製と偽って特定原産地証明書を発行させたような場合等が考えられます。

日本の場合は、関税法による罰則のほかに、「経済連携協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律」によって、証明書を発行する輸出側にも罰則が課せられます。３０万円もしくは５０万円の罰金が課せられますが、あまり悪質なケースであれば、その企業の経済連携協定利用停止措置というものも考えられます。

もっとも、この協定の本来の趣旨が協定を結んだ国同士の間で「貿易を活発化させること」にあるため、日本側での罰則は緩くなっていますが、輸入側でも以下のような過少申告や無申告に該当しますので、輸出金額によっては莫大な罰金となる可能性もあります。日本と違い、タイのように課税価格の倍がけで反則金を徴収するような国の場合、設備機械を１億円分送ったり、数年間にわたって量産に使う材料を数億円日本から支給していて罰則となった場合、減免効果をはるかに上回る罰金となります。